就在光海君几乎羽翼尽失、地位不保之际，宣祖于当年二月初一突然升遐。
这使光海君面临的危机瞬间化解，他在次日即位于贞陵洞行宫西厅，马上就收拾柳永庆一派，赐死柳永庆、金大来，并流放、罢斥多人，暂时坐稳了王位。
光海君除了肃清“柳党”，还有处理兄长临海君的问题。
光海君即位十多天后，司宪府掌令尹让等便告发临海君蓄养死士和武器，图谋不轨。随即临海君被逮捕，并流放乔桐岛。
这时，光海君以权署国事的名义，派李好闵等赴明朝请封。
但明朝坚持认为光海君的合法性不足，要派遣官员去朝鲜调查，李好闵则辩解说临海君已中风，无法继承王位，明朝礼部又要求临海君让贤的奏文。
万历三十六年1608六月，明朝果然派遣辽东都司严一魁、自在州知府万爱民进入朝鲜展开调查。
这两个官僚非常爱钱，光海君便准备了数万两白银贿赂他们，同时让他的表叔金礼直强迫临海君向明朝钦差回答预定的内容。
严一魁等按套路到乔桐向临海君问话，完成使命后返回中国，称临海君果真有病不能继承王位。
明朝到一年后才派遣太监刘用出使朝鲜，正式册封光海君为朝鲜国王。
而在此一个月之前，临海君已在其流放地乔桐岛被当地守将李廷彪缢死，光海君对胞兄的死表示震惊悲痛，但并未真正处罚李廷彪。
光海君虽然将宣祖去世前因力挺他而被流放的李尔瞻、郑仁弘等人官复原职，但也未专用大北派，而是任命南人李元翼为领议政，并起用李恒福、李德馨、尹根寿等各派别中有名望的人士，同时重用郑昌衍、柳希奋等外戚，而大北派巨头李尔瞻在光海君初年只是司谏，后又外放义州府尹；郑仁弘也只是司宪府大司宪。
所以光海君初年的政府是一个超越党派的联合政府。
但是很快光海君就与大臣们发生矛盾，光海君为了提高自身地位，要把生母恭嫔金氏追尊为王后，群臣大多反对，还是没拗过光海君，于万历三十八年1610将恭嫔金氏追谥为恭圣王后。
大北派利用光海君急于巩固政权的心理，兴风作浪，排挤其他党派。
先是万历三十九年1611春，郑仁弘为了抬高他老师曹植的地位并贬抑南人，上疏攻击南人的宗师李彦迪号晦斋和李滉号退溪，要求将两人逐出文庙配享。他的上疏虽未被批准，却引发儒林的轩然大波，郑仁弘遭到儒生们的批判并从儒籍青衿录中除名。
光海君大怒，欲追究儒生责任，导致成均馆500多名儒生“卷堂”罢课示威。在左议政李恒福的劝阻下，所谓“晦退辨斥”的风波最终不了了之。
但大北派经过这次投石问路，开始发起全面攻势。万历四十年1612春，大北派诬陷原任官员金直哉及其子金白缄、女婿皇甫信密谋造反，拥立顺和君养子晋陵君李泰庆，并牵连包括柳永庆儿子在内的一大批小北派官员。
光海君下令将金直哉等人凌迟处死，并赐死晋陵君，株连430余人，从此小北派一蹶不振，只剩朴承宗、朴自兴父子和柳希奋、柳忠立等因为外戚的缘故还屹立朝中。
自从大狱频繁发生后，光海君就深居简出、沉湎女色，除了亲审大逆罪人外，极少上朝视事，除了受群臣朝贺的大礼外几乎不出后宫，在位十五年间，召见群臣不过八九次，开经筵不过五六次。
光海君虽然初步巩固政权，但他最大的心腹之患永昌大君李还存在。
宣祖亦担心永昌大君会有不测，临终前嘱咐