另一方面，光海君的分朝与抚军也使他功高震主、威望大增，宣祖却威望大跌，不仅国内忠清道人宋儒真试图率民众起义推翻宣祖、拥立光海君，就连宗主国明廷内部也有让宣祖退位于光海君的意见。
对权力非常敏感的宣祖自然将光海君视为潜在威胁，在壬辰倭乱期间15921598，他18次提及禅让王位或让光海君摄政，其目的不过是在敲打光海君和群臣，考验对自己的忠心。
在这种情况下，光海君在战后的日子注定是难熬的。
壬辰倭乱后，光海君与宣祖关系的紧张程度与日俱增，甚至到了连光海君问安都被拒之门外的地步。
光海君的世子之位没有一天做安稳过，这是由于他先天的弱点既非嫡子，也非长子，违背宗法制“立子以嫡”、“立嫡以长”的原则。
宣祖长子临海君在壬辰倭乱后依旧胡作非为，且他曾被日军俘虏，更无可能取代光海君；最受宠的信城君则在壬辰倭乱中病死，光海君看似渡过难关，但在万历二十八年1600七月，懿仁王后朴氏去世，宣祖在两年后就迎娶礼曹佐郎金悌男之女仁穆王后金氏，并于万历三十四年1606生下嫡子李即永昌大君。
光海君失去靠山后又增添新的威胁，世子地位更是岌岌可危，朝廷内也围绕更换世子的问题掀起议论。
其中阻挠光海君的人主要属于小北派，以领议政柳永庆为首，故又称柳党；而支持光海君最力的则是大北派。
在李诞生后，柳永庆一党就主张举行庆贺仪式，得到宣祖的许可，在大多数大臣的反对下，又不得不收回成命。从此事可以看出众臣在储君问题上的紧张关系。
除了朝鲜国内的波云诡谲，最令光海君揪心的问题还是宗主国明朝拒绝册封他为王世子。
自壬辰倭乱到宣祖薨逝，朝鲜先后五次遣使请求册封光海君为王世子，理由是他贤明且有功于社稷，而长子临海君则有病且做过俘虏，结果均被明朝方面以违背长幼之伦为由拒绝。
当时明朝也在进行国本之争，明神宗宠爱次子朱常洵，大臣们则要求尽早立长子朱常洛为皇太子，礼部自然不会同意在藩邦开了立次子的坏头，所以光海君也受到了明朝内斗的连累。
宣祖亦对奏请册封世子之事态度消极，还多次制止遣使讨封。
得不到宗主国的册封，成为光海君被宣祖牵制的最大软肋，同时埋下了他日后不听明朝调遣的种子。
万历三十五年1607十月，随着宣祖的病危，光海君的危机达到顶点。
宣祖在病情稍有恢复后，就下达了传位于世子的教旨。
但该教旨却被柳永庆及承政院的柳党官员秘而不宣，大北派官员司宪府掌令柳庆宗在得知后上疏弹劾，宣祖只将史官罢职，却没有波及柳永庆。
接着柳庆宗又联合司谏宋锡庆弹劾御医许浚失职之罪，并要求追究柳永庆的责任，结果两人反被宣祖罢官。
万历三十六年1608正月，已经辞官返乡的大北派士大夫郑仁弘上疏弹劾柳永庆隐匿教旨之罪，并质问宣祖为何使世子陷于“不测之地”。
此上疏可谓一石激起千层浪，柳党纷纷弹劾郑仁弘，宣祖亦为之震怒，下旨斥责郑仁弘不忠，并特别强调光海君未经明朝册封，不是正牌的世子。
郑仁弘及被视为幕后人物的大北派巨头李尔瞻、李庆全等都被流放，光海君问安时都被宣祖呵斥“你怎么自称世子来问安呢你只是