在封建社会，皇帝贵为天子，享有至高无上的权力。皇位历来就是继承者们梦寐以求的对象，争夺皇位自然是非常激烈，甚至是不顾亲情的血腥厮杀。皇位来之不易，保住皇位更是皇帝们一生中的头等大事。为了保住皇位，除了政治手段以外，应该就是保命了。
为了保命，清朝的皇帝与封建社会的所有皇帝一样，不惜一切代价寻找名医和名药，这些名医和名药也就成了所谓的御医、御药。太医院是为宫廷服务的，御药主要是皇帝、皇后和妃嫔们吃的，因此御医和御药就有了一层神秘的面纱。
坐落在北京紫禁城内的中国第一历史档案馆，今天仍然保存着大量清宫御医、御药的原始档案，可以帮助我们揭开这层神秘的面纱。
关于宫廷医疗机构的设置，据汉书记载，黄帝时已有岐伯，管理宫廷医药的事情。周朝设有医师、上士、下士为帝王及卿大夫行医治病。秦汉时也曾设有太医令、太医下大夫、翰林医官等职官。到了金代，开始用太医院这一名称，隶属宣徽院。元代，太医院开始成为专门的宫廷医疗机构。自此以后，各朝都设有太医院，直至1911年清朝灭亡。
清顺治元年1644，清朝的太医院，最初设在北京正阳门东江米巷，也就是后来的东交民巷西口路北附近。该院有大门三座，均向西。用黑漆书写“太医院”三个大字的匾额悬挂于大门之上。大门前为门役的住房。左为“土地祠”，右为“听差处”。太医院内有大堂五间，是主要的活动场所，大堂内悬挂着康熙皇帝御赐著名御医黄运的诗文“神圣岂能再，调方最近情。存诚慎药性，仁术尽平生。”大堂左侧，有南厅三间，是御医办理公务的处所。大厅右侧是北厅。后面是先医庙，外门称棂星，内门称咸济，殿名景惠，南向，殿内供奉着伏羲、神农、黄帝的塑像，有康熙御书“永济群生”匾额。先医庙外北向为药王庙，庙里有铜人像。连接大堂的过厅是二堂，后面还有三堂五间。
光绪二十七年1901，依照丧权辱国的辛丑条约第七款，将东交民巷划为各国驻中国的使馆区，使馆区范围内的中国衙署都必须按时搬走。太医院只得暂借东安门大街御医白文寿的宅子应差。不久，又暂移至北池子大悲观音院。光绪二十八年，才于地安门外皇城根、兵仗局东建立新的办公衙署，其建筑规模较之从前要简陋许多，现在遗址尚存，但已是面目全非，昔日衙门形式，难以再现。太医院在紫禁城内东墙下、上驷院之北，设有待诊、休息的处所，旧称“他坦”，岁月流失，现也倾毁无存。
太医院为五品衙门。医务人员都有相应的职位，堂官称为院使，相当于院长，为五品官，副职称为左院判，官居六品，所属官员有御医，官居八品。雍正七年1729规定御医均受正七品，许用六品冠带。还有吏目、医士、医生等，这些人员享受从九品的待遇，一般通称御医又称太医，各医官的品级，历朝稍有变动。历朝御医人数，略有增减。以光绪朝为例有御医十三人，吏目二十六人，医士二十人，医生三十人。这些御医全部是汉人。
太医院的御医，来自全国各地，从各省民间医生以及举人、贡生等有职衔的人中，挑选精通医理，情愿为宫中效力的人，量材录用。如在康熙年间，同仁堂的创始人乐显扬就曾担任太医院吏目一职。此外，太医院还设有教习厅，培养医务人材，由御医、吏目充当教习。学习的内容有类经注释、本草纲目、伤寒内经、脉诀等专业知识，经过六年寒暑通过考试合格，才能录用为医士或医生。
虽然在康熙年间已有西药进入宫廷，以后历朝也引进了西医、西药，但太医院主要是以中医、中药为皇帝和妃嫔诊脉开药。康熙三十三年1693，康熙因患疟疾，就服用过法国传教士洪