说来也是奇怪，三好家和松永家的关系居然没有因为松永久秀的“谋杀未遂”而陷入冰点。不知道是松永久秀之前和三好家颇有渊源（比如三好义贤和松永久秀二人就都和堺町商人保持着良好的关系），还是因为三好家也认同松永久秀的实力，亦或是他们不得不与松永家合作——反正现在松永家和三好家之间的关系，就如同英国和美国那样紧密。不仅在之前组成联军击败了足利义辉和六角义贤等人，这一次有一同进兵包围了二条御所。
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二条御所被围，狼狈不堪的足利义辉匆忙打算故技重施，搬出朝廷来进行调停。之前的教兴寺之战之后，就是朝廷为他调停了和三好家的战争，让他得以重返京都。
然而，这一次三好义贤和松永久秀却异乎寻常地顽固，一口回绝了朝廷的请求。他们挑好了代替足利义辉的人，那就是足利义辉的从弟——十二代将军足利义晴之弟足利义维的儿子，足利义荣。此人毫无主见，足够听话，一看就是一个很好利用的傀儡。
足利义辉得知此事后才大惊失色，意识到这一次将军之位很有可能不保。他匆忙派人叫来堺町的商人，靠着和三好义贤和松永久秀良好的关系来调停此事。然而，素来因为和堺町关系良好，而有着“三好家的钱袋子”之称的三好义贤，这次却没有给商人朋友们面子，依旧拒绝了这一请求，看来是铁了心要罢黜将军了。
得知三好松永联军包围京都后，一直对幕府和旧制度忠心耿耿的畠山高政勃然大怒。他再次从纪伊起兵，宣布讨伐三好长庆，却被三好义兴在岸和田城城外击败。而六角家在观音寺骚动后威望尽失，曾经作为近畿一霸的他甚至无法召集豪族的军势，只得率领本家的直辖前去京都支援将军，也被松永久秀挡在濑田以东无法接近京都。无可奈何之下，足利义辉只得妥协。
在雨秋平前世的历史上，松永久秀正是在这一次行动中杀害了将军足利义辉，史称永禄大逆。他也凭借这次血腥火爆的“下克上”，成为了战国乱世名声最丑的阴谋家。然而，历史上的那次永禄大逆，三好一方的参与者是被松永久秀利用了的三好三人众，三好长庆等人早已先后故去。而在这一世，英明的三好长庆自然不会允许三好家犯天下之大不韪，背上杀害武士领袖——足利幕府将军的骂名。因此，他授意三好义贤不准加害足利义辉。在三好义贤的坚持下，松永久秀也只得打消了自己斩草除根，将足利义辉永久消灭的念头。
永禄八年（1565）五月二十三日，历史上永禄之变的四天后，足利义辉被迫屈服于三好家和松永家的大军，将将军之位让与足利义荣。而他本人，则被松永久秀软禁在槙岛城内。而朝廷也很识时务，很快就下旨认可了足利义荣的将军之位，还在松永久秀的暗中要求下赐予他山城守护代的职务。而山城国和京都，也被名正言顺的松永久秀控制住了，三好家只得退兵离开。
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就当松永久秀以为大功告成之时，足利义辉却再次证明了自己不是省油的的灯。
在家臣细川藤孝和六角家的和田惟正等人的营救下，足利义辉居然从戒备森严的槙岛城里逃了出来，而且还带着嫡长子足利辉若丸一同离开！
气急败坏的松永久秀立刻派人追击，却受阻于六角家的军队，眼睁睁地看着足利义辉从他的眼皮子底下飞了。他立刻派出使者再次联络三好家，要求三好家一同出兵，同他一起讨伐藏匿足利义辉的六角家——却被三好义贤一口回绝。
松永久秀立刻意识到了足利义辉逃跑这件事，与三好家必定脱不了干系。他派出忍者前去调查，居然