这些人无奈之下把目光投向了斐迪南，他们希望斐迪南能够出面劝阻女王改变先陆后海的决定，但是换取来的却只是斐迪南的沉默。
斐迪南很清楚伊莎贝拉如此决定有着什么样的深意，阿拉贡舰队转移地中海剿灭海盗，这显然让联合王国的海军在大西洋上的实力打了很大的折扣，如果这个时候贸然与葡萄牙人开战，即便取胜卡斯蒂利亚人也必须付出极大的代价，那样在将来的新殖民地开拓上，因为实力居于劣势，就不得不将以阿拉贡人的意志为主了。
另外随着伊莎贝拉身体状况越来越糟糕，而托雷多的贵族议会却擅自宣布胡安娜的未来摄政地位，伊莎贝拉就需要尽快让卡斯蒂利亚的局面想着对自己有利的方向发展，而海上的胜利显然并不能满足她的这个需要，她要的是首先安抚住那些安达卢西亚贵族，然后迅速击败葡萄牙和法国人，她相信到了那时候托雷多的贵族议会只能乖乖的再次臣服在她的面前。
正是因为这些考虑，伊莎贝拉坚持首先解决陆地上的麻烦，然后再等到阿拉贡舰队剿灭海盗之后，再合两国舰队之力一举歼敌于大西洋上。
这个想法很正确，一旦了解了女王的全盘计划，她的重臣们都纷纷表示支持，以前会议完全以女王的意图做出了相应的决定。
先陆后海，成为了卡斯蒂利亚人解决当前局势的最后决策。
所以即便听说蓬塔德尔加达的葡萄牙人抓紧时间修建起了坚固的岸防堡垒，配备了威力巨大的火炮，可是伊莎贝拉并不担心，因为只要在海上击败了葡萄牙人的舰队，那么那些岛屿自然也就垂手可得。
这个时候，不论是伊莎贝拉还是她的大臣们，甚至是斐迪南，都认为这次剿灭海盗不会用太多的时间，也许三个月，或者半年，最多不会超过一年，也就是说在1502年的10月前地中海上的战事就可以结束，然后阿拉贡舰队就可以回师大西洋，到了那时也就是葡萄牙人倒霉的时候了。
10月下旬，已经走了好多天的阿拉贡舰队终于传回了消息，他们在地中海靠近非洲一方的海域发现了海盗的迹象，而且让人高兴的是，他们在这一带遇到了来自罗德岛的医院骑士团的舰队，在打击异教徒海盗上有着共同利益的双方很快结成了联盟，凭借着医院骑士团对这片海域的熟悉，阿拉贡舰队很快就剿灭了一股势力不大的海盗团伙。
这个不错的开始让舰队和在后方的西西里总督弗拉门萨都很满意，突然猖獗的海盗给西西里造成的损失是巨大的，虽然也有遭到抢劫损失惨重的商人指控自贸联盟和那些海盗可能暗中勾结，但是这一切却没有根据，而自贸联盟如今在西西里的影响却是已经深入到了几乎每一个角落。
这让弗洛门萨根本无法采取行动，而且就他本人来说也并不想这么干，毕竟他自己的腰包也从自贸联盟那里赚得鼓鼓的。
不过海雷丁对西西里与阿拉贡航线的打击让弗洛门萨恼火不已，特别是税金船队的被袭，让他不得不请求斐迪南派出舰队剿匪。
10月底，一个不太好的消息让西西里人有点沮丧，奥斯曼人再次向罗德岛发起了进攻，虽然这次的规模不大但是医院骑士团的面对依旧不得不暂时离开非洲沿岸返回罗德岛增援。
西西里人对罗德岛如何其实不是很关心，虽然他们很多人不论是出于信仰还是为了让罗德岛挡住奥斯曼人的进攻曾经对骑士团慷慨解囊，可只要奥斯曼人的舰队没有出现在西西里附近就不是什么大问题，只是这样一来失去了熟悉情况的医院骑士团，剿灭海盗可能就不是那么顺利了。
不过阿拉贡舰队还是信心十足，他们认为即便没有医院骑士团的帮助，也只是稍稍耽误些时间，而那些海盗最终覆