众军士一时没有了主张，呆在了当场，那小头目要管家稍等，然后一溜烟去了。无片时，那郝摇旗带着十来个手下骑马来到了现场，管家将刚才的话再次重复了一遍，郝摇箍见那管家拿的果真是何腾蛟督师令箭，自然不敢怠慢，先下马来假惺惺地将瞿公抚慰了一番，说是自己治军不力，以至出现了这番局面，下来一定严查严处，然后喝令众军士放人，至于财物，一时也不好细查，便当即胡乱拼凑了数十两银子给瞿公，然后带着众人离开了。
郝摇箍深怕何腾蛟真的来了桂林，不敢与之见面，迅速集合拢部下，匆匆离开了桂林。
皇上和郝摇旗离开桂林后，瞿式耜即刻着手布防，以图强撑，虽然打退了敌人的数次攻城，然而形势却没有丝毫扭转，反而愈来愈危险，正在十万火急之际，适逢原明叛将金声桓、李成栋先后率部反正，打出了“反清归明”的旗号，并先后在江西和广东向清军发起了猛攻，迫使清廷不得不将主要兵力抽调回去对付二人，桂林方才解了燃眉之急。然而好景不长，当清军很快镇压了金、李二人的起义后，定南王孔有德再次挥师广西。当瞿式耜正在竭力筹措粮饷，准备积极迎战之际，不料桂林城中以及周边守将及其大小官员一个个先后望风而逃，所带部队全部用来保护自己的家属逃窜，瞿公见状气得捶胸顿足道：“朝廷用厚禄供你们，百姓用膏血养你们，难道就是为了今天的逃窜吗？”
当孔有德前锋逼近桂林时，城中再也无可用之兵。瞿公绝望之中，早已下了与桂林城共存亡的决心，所以见状倒也并不惊惶，从容将家属作了妥善安排，将邵夫人和冷霜飞一家安置在城外乡下的冷霜飞母亲娘家，然后不顾家人的劝阻，毅然只身返回桂林，独坐署衙饮酒吟诗。却有那门生兼好友张同敞，本是万历年间名相张居正之孙，其时任职广西总督，于黄昏时自灵川来，隔江望见城中光景，估计已为空城。同敞深知瞿公为人，知其必会留守城中不去，于是自漓江东岸泅水入城，赶至留守衙门，果见老师在此，便对他说道，“形势这么危急，老师为甚么还不走？”瞿公答道：“我是本城留守，城存与存，城亡与亡，今为国家而死，倒也死得其所。”然后反问同敞道：“你又不是留守，没有守城任务，却又跑到这里来做甚么？你还是赶快走吧！”同敞大笑道：“要死就让我和你一起死吧，黄泉路上也好有个伴，古人都以独自做君子为耻，莫非先生就不容我和你一同共赴国难么？”言罢就在旁边的椅子上坐了下来，瞿公亦笑道：“那好，为师今天成全你好了！”说罢给同敞斟满酒，二人各自饮了一大杯。然后方慢慢地煮酒论诗，从容熬过那漫漫长夜。东方渐渐发白，清军已经占领了桂林各个城门，一队清军冲进署衙门，见到二人便要上前捆绑，瞿公平静地对他们说道：“用不住这么费事，我们不怕死，要逃早就逃了，既然已在这里等了一夜，就不用捆绑了。”说罢的张同敞昂首阔步地走出了署衙。
二人被押至清营见孔有德，孔有德倒是恭敬有加，对二人拱手施礼道：“你们二人谁是瞿阁部先生？”
瞿公昂然道：“只我便是，你要杀便杀，何必多问！”
孔有德依然温和道：“先生不必视本王为仇寇，昔日崇祯皇帝殉难，本部这是协助大清国为明复仇，葬祭成礼，天意可知。本王早就闻得先生大名，你不如且随本王去，我掌兵马，先生掌粮饷，共同为大清效力，如何？”瞿公冷笑道：“本阁