李云崖首先提出要新设立四个部门,第一个是民政部，他要做户籍改革。
中国几千年传统,家族体系经久不衰，甚至历经数朝，在地方盘根错节，在中央朋比结党,始终是威胁政府统治的最大因素，尤其每到改朝换代的时候，某些家族四处下注,甚至背离地投敌卖国，譬如现在就有很多家族子弟，分别在大明国和大乾国做官,有的甚至到关外投靠满清。
要削弱宗族势力不是那么容易的事，自秦始皇设立郡县开始,政府的行政力量就只到县一级,乡村一级都由地方选任族长、乡老主持裁决事务，甚至处理人命官司都家族内部处理，相当高度于自制。
对于这些事，李云崖已经跟朱由检在昭和殿里讨论了几十个日日夜夜了，两人共同制定出一套方案，进行户籍制度的彻底改革，只保留民户、匠户、军户三种，还有拿度牒的出家人四种，其余各行各业的户籍约束全部取消，统统归到这三种里面来。
民户国家都给分土地，李云崖当初拿了魏忠贤十万亩，后来陆陆续续收买了数百万亩，都拿出来贡献给国家，再加上各卫所的，统一算作国有土地，并让新成立的民政部在全国各处买地，凡是无主荒地、山地，全部自动收归国有，若有主人，并且愿意卖出的，以市价收购。
收归国有以后，将土地的所有权保留，将承包权平均分给当地的百姓，凡民户人口，皆有权利分得一份土地，承包合同为五年，国有土地只进不出，承包给民户以后，只可以耕种，不可以改作其他用途，以此来解决土地兼并的问题。
为了让士族自愿分户，李云崖规定，土地按户来分，一户人家，祖孙五代，几百口人，只能分的一份，如果儿孙分户，各立户口，则可以分得多份，此为利诱。
另外在农税方面则全面实行摊丁入亩，不再按人头收，而是按土地收，每亩地上交三分之一的公粮，并且官绅一体纳粮，甭管什么进士老爷，皇亲国戚，一律要交公粮，朱由检名下的皇庄带头交！谁敢抗税，则从第二年开始其土地强行收归国有。
农户有地，军户和匠户不分地，但给予更好的待遇和保障，李云崖跟朱由检商议再三，还是决定继续才用征兵制，而不用募兵制，征兵的对象就是军户，每个军户适龄男丁都有当兵的义务，现役军人军饷从优，军官分房，退役军人给养老银，虽然不多，但就算什么都不干也能勉强度日，到军区医院看病，只需要付十分之三的医药钱，军户家庭视作军属，也有一系列优惠政策。
取消奴籍，所有各家所用的下人，全部由奴仆转为佣人，属于雇佣关系，须各自签订雇用契约，双方同意到当地派出所备案，不得随意打骂，更不能处死，否则按故意杀人罪论处。
各种户籍之间可以有条件转化，李云崖告诉朱由检：“流水不腐户枢不蠹，一个国家的百姓身份，必须既可以横向流动，也可以纵向流动，整个国家才能有活力，才能蒸蒸日上。”
朱由检深以为然：“医者有云，通则不痛，痛则不通，大明朝开国以来近三百年，原先定下的军户所剩无几。”他已经深刻认识到，国家强行规定人员分工的弊端，有感而发，“譬如谁适合做什么，非父母所定，将门未必出虎子，书香时常熏佞人！”想起那群平常总把忠君爱国挂在嘴边上，动真格的一毛不拔的官员们他就生气！
这次户籍制度改革，相当于彻底跟流传了几千年的宗族世家撕破脸了，甚至连皇家藩王也得罪到死，李云崖每天晚上跟朱由检在昭和殿里吃夜宵的时候都提醒他，反复打预防针，努力地做朱由检的思想