过去他是从士大夫手里面夺|权,这回是从朱由检手里夺|权，万一朱由检认为他要谋朝篡位，两人翻脸,就要大事不妙,李云崖在空间里装了成堆的掌心|雷,还有好几架火箭车跟野战炮，每次进宫时候都小心翼翼，一旦朱由检翻脸他就抢先动手,如果真到了那种地步他绝不会束手待毙！
但是朱由检没有,不管他提出什么主张，朱由检都照单全收,这让李云崖心里很有些惭愧,他告诉朱由检：“我们要构建一个坚固稳定的政治架构，过去之所以每一个朝代都逃脱不了三百年灭亡的魔咒，已经证明了老旧的那一套是行不通，我们要弄一个更加完善的，咱们一起为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平！”
朱由检问：“你们封缘星上的国家都是这样的吗？”
李云崖很肯定地回答：“是！”
李云崖最先动的是国防部，他划分了三大战区，调卢象升到辽东做东北战区总司令，总管一切军务，不管政务，权利比原来的督师要小。调孙传庭到山西做西北战区总司令，把洪承畴调回来做公安部部长，孙传庭打仗的能力一流，但是跟江南文坛牵扯太多，虽然在温体仁政变期间镇压了不少叛乱和治安问题，但是手不够狠，李云崖把更加心狠手黑的洪承畴换上来。
李云崖给三人都颁布了任务，让孙传庭以破军营为基础在山西练兵，要在三年之内练最少八万精兵。他把贪狼骑给卢象升派去带往辽东，以压制那帮骄兵悍将，要他按照经营的标准，把辽东军包括关宁铁骑在内的一切军队，全部打散重新整编，卫所土地重新丈量，严打军中吃空饷等*问题，有一个查一个，不管是谁，从严从重，一打到底！
辽东军虽然生猛，但也免不了有这个时代的种种陋习，甚至更加严重，吴襄、祖大寿等人自然更是其中的佼佼者，国家省吃俭用挤出来的军饷大部分都进了他们的腰包，过去怕他们造反投敌，还要指望他们对付满清，所以不曾动他们，这回卢象升有一万精锐的贪狼骑在手，他们即便造反也不怕了，卢象升到任之后，在数日之内就捆了上千名军官，全部重铐打入囚车，押往京城。
兵车刚发半日，就接到朱由检的圣旨，说这些人为国守门，于国有功，与当初京营情况不同，让他酌情赦免，卢象升离京时候得了李云崖的叮嘱，将这帮人降职留用，有的降一级，有的降三级，有的一撸到底，没收家产，再给李云崖回书，并给朱由检递折子，李云崖从中甄别，跟朱由检商量着将部分人调往西北到孙传庭那里听用，以彻底解决辽东军派系的尾大不掉之势。
孙承宗前脚被召回京城，后脚辽东军就被拆散整编，老头知道这位国师大人手腕很高，以为鸟尽弓藏，自己这么一大把年纪也该退休回家，含饴弄孙了，不想李云崖很快登门拜访，跟他请教了一大堆关于军事方面的问题，最后更是请他接掌国防部长一职：“本来老先生年事已高，也该让先生回家享受天伦之乐，只是如今国家危急，百废待兴，我只能厚着脸皮来求老先生，再为大明奋斗几年，请先生万勿推辞！”
孙承宗摸不准他的真实意图，虽然李云崖满脸诚恳，情真意切，但在官场上厮混了一辈子的孙承宗仍然不敢随便答应，不然的话说不定哪天脑袋也要搬家：“国师乃天人下凡，能使鬼神拉车，呼风唤雨，点石成金，老朽如今已经老眼昏花，这两年一遇到阴天下雨，双腿就酸疼难忍，已经是半截要入土的了，