所以在有心人的散布下，郭致远通过海贸赚了大钱的消息就传开了，这让那些被郭致远断了财路的海商更是对他恨之入骨。当然他们再恨郭致远也不敢直接对郭致远动手，毕竟郭致远是朝廷命官，东蕃府开海禁、通海贸也是得到万历皇帝特许的，他们再眼红也只能干瞪眼。
于是他们想到了一个借刀杀人之计，借的这把刀就是——倭寇！福建海商和倭寇暗通曲款这在福建几乎已经是半公开的秘密，利用倭寇剪除不对盘的对手也是海商们的常用伎俩，几乎每一次倭寇袭击内陆背后都有海商在暗中通风报信。
而倭寇同样对郭致远很窝火，因为郭致远对海贸船队的整合和打击走私行动，使得他们的抢掠活动大大受阻，已经几个月没开胡了，对于这些无法无天的倭寇来说，这简直就是和他们结下了不共戴天之仇。
于是这两伙人一拍即合，决定要给郭致远一点颜色看看，由那些福建海商提供情报，让倭寇们找机会对东蕃实施突袭报复行动！
当然倭寇们还是有所顾忌的，毕竟郭致远的实力也不容小觑，之前赵秉鉴的两万多叛军都被他全歼了，这其中也是包含了田中太郎带领的一票货真价实的倭寇的，更何况郭致远还有威名赫赫的沈有容相助。
所以倭寇选择沈有容带着麾下水师出去巡航的时机，突袭了守卫力量相对薄弱的大员，因为郭致远现在把发展重心主要放在北港和基隆那边，所以对大员也就有些忽视了，只让孙智勇带着一千自新军负责大员的守备。
孙智勇虽然很受郭致远器重，也很有潜力，但毕竟很年轻，又是第一次挑起独当一面的重担，而这次倭寇也是有备而来，联合了周边十几个海盗势力，出动了上百条海盗船，近万名海盗气势汹汹而来，所以一开始被打了个措手不及。
好在大员还有陈第这员老将在，陈第当年可是跟着戚继光南征北战，见过大场面，虽然倭寇来势汹汹，兵力也处于绝对优势，他并没有慌乱，而是冷静应对，马上做出了部署，让孙智勇领着自新军先顶上去，自己则去发动新移民中青壮，把他们临时武装起来抵抗来犯之敌！
孙智勇在陈第的感染下也很快冷静下来了，发挥了出色临场指挥能力，面对占据绝对兵力优势的敌人，他没有鲁莽地带着自新军直接冲上去硬碰硬，而是先收缩了一下防线，把敌人先放进来，利用还在建设的筑城工地当掩体，充分发挥自新军擅长阵法作战的优势，硬是带着一千自新军顶住了一万穷凶恶极海盗的凌厉攻势！
新移民们也是第一次经历这样的事，惊恐是一定的，但是这段时间他们对东蕃已经产生了很强的认同感，把这里当成了他们的新家，尤其是看到自新军将士们为了保护他们浴血奋战一个接着一个倒下了之后，愤怒战胜了心中的恐惧，拿起手边一切可以自卫的工具冲了上去和海盗们展开了殊死搏斗！
倭寇和海盗们压根儿没想到会遭遇如此顽强的抵抗，在他们以往抢掠的经历中，一般这种情况下，对手很快就会崩溃，尤其是倭寇们，他们经常是只要派出几百人就能打得数千的官军落荒而逃，现在居然连那些平时在他们看来就像绵羊一样濡弱的普通百姓拿着扁担、铲子这样简单的工具就敢冲上来跟他们搏斗，这让打惯了顺风战的他们很不适应。
最后在英勇的自新军和新移民的顽强抵抗下，打退了海盗，但是也付出了惨重的代价，一千自新军