历史上此事最终不了了之，而且为了遮掩颜面，明朝政府还自欺欺人地说：“中国四民，商贾最贱，岂以贱民，兴动兵革，弃之无所可惜”，正是因为明朝政府在这次马尼拉大屠杀事件后的软弱反应，更加助长了西班牙殖民者的嚣张气焰，在1639年和1662年菲律宾再次令人愤慨地发生了两次针对华人的大屠杀事件，这也充分印证了“弱国无外交”的道理。
当然此时万历皇帝仍然没有放弃通过外交手段解决此事的希望，尽管此时距离马尼拉大屠杀事件发生已经过去一年了，不过因为这个时代信息传播速度的缓慢，明朝仍然还在为此事和西班牙人扯皮，也派出了几次外交使团去和西班牙交涉，西班牙人却反而通过此事看出明朝政府底气不足，态度一次比一次更强硬，现在已经没有官员愿意出任外交使节去和西班牙交涉了，因为他们担心去了就再也回不来了！
万历也不能随便指派一个官员去西班牙人交涉，这个人必须熟悉外交事务，还要有足够的胆魄，要不然交涉不成，还丢了泱泱大明的脸岂不糟糕，所以万历看了郭致远的这篇文章眼睛就亮了，自语道：“想不到这小子还熟悉洋务，胆子也大，倒是个不错的人选，只是这小子实在是太年轻了一点，他能担此重任吗？……”
最后万历沉思良久，狠狠地拍了拍大腿道：“就是这小子了！这小子这么能折腾，就让他去折腾折腾那些西班牙人吧！……”
秦寿自打上奏折弹劾郭致远以后，一直在翘首以待地等待着朝廷的消息，虽然万历已经下旨将郭致远撤职，但是像这种基层官员的任免还需要吏部走程序，哪怕是沈一贯也迫不及待地想看着郭致远倒霉，催着吏部尽快走完程序，但以这个时代低得让人抓狂的行政效率，加上漫长路途上的耽搁，秦寿一直到一个多月后才等来吏部将郭致远革职的公文。
拿到吏部的公文，秦寿就立刻拿着吏部的公文带着刘启东和大批的随从亲自前往古田，因为他迫不及待地想要看到郭致远倒霉的样子，最好能让郭致远匍匐在自己的脚下瑟瑟发抖，这样他才会觉得解气。
不过他带着随从气势十足地来到古田县衙的时候却扑了个空，守衙的衙役告诉他说郭致远不在，秦寿就有一种用力一拳却打了个空的感觉，气得一把抓住那守衙的衙役的脖子咆哮道：“郭致远到底去哪里了？！”
那衙役也被他吓到了，用手指了指外面的大街战战兢兢道：“大…大老爷去…去报…报馆了……”
“报馆！”秦寿眼中寒光一闪，咬牙切齿道。在这次他弹劾郭致远的奏折中也提到了郭致远私自办报纸，传播歪理邪说，不过之前郭致远有官身在身，他也不好动郭致远的报馆，但现在郭致远已经被撤职，他自然随时可以查封郭致远的报馆了！
要找郭致远的报馆也很容易，因为郭致远把报馆搬到了古田县城最繁华的位置，直接租了一整座楼当办公地点，十分显眼，今天正是新报馆正式挂牌的日子，还有几位和郭致远交好的福建名士专程赶来道贺，报馆门外围满了来看热闹的老百姓，秦寿带人赶到的时候，郭致远正拿着一块用红绸盖住的牌匾准备挂上门头！
“郭致远！”秦寿大喝一声，带着随从挤出人群，然后威风凛凛地朝身后的随从们一挥手寒声道：“给我把这里封了！”，他那些随从立刻凶神恶煞地上前准备查封郭致远的报馆！
郭致远闻声停住了动作，转身看到秦寿却并没有表现出任何的慌乱，只是冷冷地道：“原来秦大人啊？不知大人为何要封了下官的报馆？……”
秦寿得意洋