作为军饷来源的军屯，由于贵族军官的侵占日益减少，使粮饷不济，士兵大量逃亡，如广州七卫在嘉靖中期缺额达698，福建镇海卫缺额为761，在数量锐减的同时，士兵士气低落，战斗力严重下降，士兵衣食无着，漫无纪律，军官不知作战，只知道盘剥士兵，官兵互相视若仇敌，可谓“无用之将统无制之兵”。
舰队减少，舰船破损。
卫所军的锐减，也导致水师人员的锐减，如福建烽火门水寨缺额达737，铜山水寨缺额达658，各舰队的舰船数量急剧减少，浙江省船队原有700艘战船，1440已不及一半，新江口船队400艘战舰，至1474仅存140艘，重要水师登州卫，曾拥有100艘战船，1503，只剩下3艘，同时舰船制造业衰落，郑和远征时2000料的宝船在海港中慢慢烂掉。
至十六世纪初，水师所用的最大战船只有400料，而且都是用旧船的木料建造的。
大明的海防战略退步，海防线内缩。
明初实行进攻型的防御战略，针对来自倭寇的海上威胁，每一都派出上千艘战舰在南北海域内巡逻，即所谓春巡与夏巡。
首先以舰队巡逻于海上，警戒侦察和寻机歼敌。
当倭寇深入内海，则利用报警通讯系统，集中水师与外岛守军协同歼灭。
若倭寇登陆，则以水师与沿海卫所驻军协同歼灭。
此外明军还经常出动舰队攻击敌占岛屿，粉碎倭寇的。
进攻型战略的是在追击倭寇的战斗中明军曾到达朝鲜海岸与琉球群岛。
而为了消除来自东南亚方向的海上威胁，郑和的船队曾在马六甲海峡展开战斗。
总之，歼敌于海上是海防战略的核心。
仁宣之后，开始收缩海防线，远洋船队被召回，大型舰只停止建造，岛屿被放弃，政策使水师受到重创，海防线被从远海甚至外洋压回海岸。
当然海军的衰落是相对而言的，直至十六世纪海军依旧能在南海三次击败横行印度洋的葡萄牙海军。
抗倭作战的一度也主要不在装备和战术方面，那实际上是在与一支由商人装备和指挥的雇佣军作战。
但海军的大衰落是无可置疑的，郑和时代曾拥有当今美国海军所拥有的地位。
到后期，海军再也找不到海上远征时的盛况，它已经从一支远洋海军衰落成海上警卫队。
人员的减少，舰队的缺损，海防线内缩这些技术层面的表现有着深刻的社会动因。
首先，向海洋扩张的原动力日益消失是促使水师衰落的最明显的原因。
海岛的海上威胁，海外贸易的高额利润，人口向东南迁移而引起的对东南沿海防务的重视及消灭张士诚。
方国珍的海外残余势力，构成了明初水师发展的动因。
在水师的打击下，倭寇遭受重创，15世纪中叶倭寇入侵只有14次，其中10次被粉碎，倭寇不敢进犯。
加之中日勘和贸易兴起，倭寇组织者有了合法的贸易渠道，倭寇的威胁似乎已经不足为虑。
在郑和的武力和的招安下，以东南亚为的海上流民被消灭，尤其是陈祖义被消灭后，他们或投靠明廷，或销声匿迹，自南宋开始形成的南洋华人贸易网被粉碎，已无法构成对大陆的威胁。
不管是在海防安全方面，还是在贸易垄断方面。
海上远征所带来的光荣是巨大的，但朝贡贸易的利润很快便消失了。
随着军力的下降和纸币的贬值，廷再也无法用强行压价和支