9月16日，拿破仑进入莫斯科。
但在战略上，俄军司令库图佐夫、巴克莱等人力排众议，放弃首都，与沙皇亚历山大一世带着剩余的俄国高级将领和大部分居民撤出，逐步深入俄罗斯腹地，采取坚壁清野战术，拯救剩余的俄军的有生力量。
拿破仑本以为亚历山大一世将会妥协，未料到迎接他的却是莫斯科全城的大火。
同时，俄罗斯的寒冬，成为了拿破仑的最大阻力，由于法军物资补给不足延滞、兵力分散，俄军迎来重大转机，库图佐夫以逸待劳并趁机不断袭扰法军，在几个星期的灾难对战中，本处于优势的法军不是战死就是冻死，最后回到法国的只有不到3万人。
拿破仑在俄国战场惨败后，亚历山大一世决定马上彻底打败法国，称霸欧洲。
但是俄军在追击法军的残兵败将时，自身也受到了法军极大打击，因此亚历山大一世决定再一次组建反法同盟。
为了阻挠反法同盟的成立，拿破仑希望瑞典王储贝尔纳多特加入法国一方，但遭到拒绝。
他同时立妻子奥地利公主路易丝皇后为帝国摄政王以牵制奥地利。
但是1813年英国、俄国、普鲁士、瑞典还是组成了第六次反法同盟，双方在莱茵地区多次激战。
拿破仑迅速重振旗鼓，相继获得了吕岑之战、包岑战役等多次胜利，但是针对拿破仑的压力却是越来越大，短暂停战后，随着奥地利倒入反法同盟，联军的力量超过了拿破仑法军。
8月，拿破仑在萨克森王国的首都德累斯顿获得了德累斯顿战役胜利，但由于缺少骑兵，未能扩大战果。
在莱比锡战役中，法军集中了15万5千人，而联军的兵力是法军的2倍，虽然开始法国缪拉元帅的骑兵打得俄奥普三国帝王纵马而逃，但是因为联军分6路合围莱比锡，萨克森军队临阵倒戈，而且此时法军的炮弹也已耗尽，拿破仑被迫撤退。
在败退途中，法军遭到联军的重大打击，只剩5万6千人的残兵败将。
莱茵联邦不久解体，联军向法国开进。
1814年，反法同盟再次开出停战的条件，那就是法国的领土恢复到1790年时的状态，拿破仑视为侮辱，拒绝接受，他重新组织军队再战，然而法军只有10万人，而联军却有35万。
在布伦纳城，拿破仑指挥军队大败普鲁士军队，恢复了自莱比锡战役以来低落的士气。
在拉罗蒂埃河，法军与联军再次交战，虽然失利了，但是法军表现出无比的勇气，拿破仑指挥法军在尚波贝尔、蒙米赖、夏托蒂埃、沃尚等地接连打败反法联军，他的军事才能极大发挥，他的战术才华也充分显现出来，但是他在战略上错误地将进攻力量兵分两路，导致联军通往巴黎的路畅通无阻。
1814年3月31日，巴黎被占领，同盟军要求法国无条件投降，同时拿破仑必须退位。
拿破仑希望让他的儿子罗马王以拿破仑二世的名义继承皇位，但是遭到了反法同盟的拒绝。
4月11日，拿破仑宣布无条件投降，并于4月13日在巴黎枫丹白露宫签署退位诏书，法兰西第一帝国灭亡了。
拿破仑本人在退位后被流放到地中海上的一个小岛厄尔巴岛。
拿破仑保留了“皇帝”的称号，可是他的领土只局限在厄尔巴岛上。
拿破仑在前往厄尔巴岛的路上险些被暗杀。