万历皇帝曾针对言官的弹劾，对熊廷弼批复过一段相当有意思的话。他说：“辽事败坏，皆地方官玩曷所致，熊廷弼一意振刷，恢复封疆，朕深切依赖。今夷情甚急，岂经略释肩之时，自弃前功！着益殚忠任事，与诸臣协心共济，毋为人言所阻”。
这段话，可以看出，万历皇帝对熊廷弼的“深切依赖”，以及对一个重要臣僚的“语重心长”。特别是一句“毋为人言所阻”，更是推心置腹、坚定决心。
照通俗的话语解释，意思就是你放心，让别人说去吧，一切无妨，照你的思路干去下吧，朕支持你。
据说，万历临死之前，身患重病，依然对熊廷弼分外关注，别的奏疏可以不看，唯独熊廷弼的奏疏另眼相待，非看不可，且还要一一批复。
只可惜，万历皇帝的庇护很快结束了。万历四十八年七月二十一日，明神宗卒。明光宗继位，不到一个月，也死了。
明熹宗朱由校即位大统。
言官文臣立刻磨刀霍霍，群起攻击熊廷弼。
自泰昌元年始，攻击熊廷弼的言论就如雨后春笋，蜂拥而出，“诋廷弼废群策而雄独智”。
韦宝知道，辽东是出风头的地方，也是火山口。
稍微有点成绩，能传遍整个朝廷，稍微有点过错，也能把一个正常人完全的妖魔化。
可以说，绝大多数的内容，都是老调重弹，但问题是皇帝换了。
明熹宗毕竟不是熊廷弼的知己，他派了一个兵科给事中朱童蒙前往调查，这个人，还算公允，承认了熊廷弼经略辽东的成绩，但是因为熊廷弼曾为弹劾之事“掼纱帽”，他的结论有一句话“廷弼功在存辽，微劳虽有可纪；罪在负君，大义实无所逃。此则罪浮于功者矣”。功劳是有的，但是掼纱帽则有负皇恩。一个“罪浮于功”，熹宗皇帝便将其打发回家了。“朝议允廷弼去，以袁应泰代”。
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结果，一个不懂军事的文官袁应泰成了辽东经略，直接导致了沈阳陷落，其本人也战败身死了。
熊廷弼倒霉的第二个原因，熊廷弼不慎卷入党争。
明末朝败，党派林立，党争迭起。
以原吏部郎中顾宪成为首，一批下野官吏在无锡东林书院讲学，讽议朝政。一部分在职官吏如赵南星等也遥相应合。东林党因此得名。
与此同时，另有一批官吏士绅组成浙、齐、楚、宣、昆各党派。
这些党派既互有矛盾，又互为利用。
其中，以东林党人势力最为强大。
起初，乃是东林党与齐楚浙三党之争，后来则演变为东林党与阉党之争。
到明熹宗天启年间，东林党人得势，浙昆宣各党派受排斥。
于是，以魏忠贤为首的阉宦便与浙齐楚宣昆各党中的一部分人结成联盟，被东林党称为“阉党”，异军突起，形成了直接对抗。
照理说，熊廷弼原为楚党，与东林党人并不是一路人。
但是，当时的东林党代表人物杨涟等人，突破门户之见，曾在辽东军事等问题上为熊廷弼说过好话，熊廷弼同后来的所谓“东林党六君子”，也有不错的个人关系。
这一切，为其最终的杀身之罪理下祸根。
或许，人称“九千岁”的宦官魏忠贤的思路也是简单的，政敌拥护的，咱就要坚决反对。
明史说：“天启元年，沈阳破，应泰死，廷臣复思廷弼”。也就是说，袁应泰一死，辽东战局告急，“烟火断绝，京师大震”