按魏公公的设计，吴淞口方圆数十里地全部归为特区，设海事提督衙门专管，对外称海事特区。
特区内不论是人还是物，民政、军务、贸易、诉讼等都由提督衙门负责，不受松江府牵制，更不受应天巡抚管辖，只对皇帝陛下一人负责。
海事特区成立之后，对外由海事提督衙门指挥皇家海军扫清洋外盗寇，控制海路，并成立远洋商队，在海军的保护下和周边各国进行贸易，以为特区换来大量经济利益。
当然，在奏疏中，魏公公也委婉的表达了如下观点，即敌人如果强大，咱大明暂不能灭其国或将之打败时，便当与之贸易。如敌人弱小，则以王化待之，使其人成为我大明之人，使其地成为我大明之地，使其物产成为我大明之物产。这段话，如果将“我大明”三字替换为“我皇帝”，则势必更加直白。
对内，提督衙门将开展大规模招商引资活动，从事丝绸、瓷器、茶叶等海贸热销货物的商人都可以向特区提出申请，持提督衙门发给的凭证成立商行。
提督衙门定期组织各商行出海贸易，或各商行自己联合起来呈请提督衙门准予租借货船，提督衙门也可以同意，并派皇家海军保护。如不须保护，也可租借火器等自保武器，以确保船队安全。
总之，在特区内从事商业活动的商行，提督衙门不收分文税收，只需各商行向提督衙门交纳一定的海军护卫费及少量船只维修费即可。
为了吸引更多的商人来特区贸易，魏公公将这笔费用定为“二十抽一”。即如利润为二十两，则只收一两银费用，此外不再收取分文。
这笔费用是魏公公实地考察，并和蔼可亲的询问几个从事海贸的二道贩子后给出的数据。
这在皇爷眼里看来肯定是很吃亏的，不收商人的税，你小魏子给朕倒腾个屁的特区啊。但看到后面又说皇家海军在海外“采购”的货物，特区商行必须购买一定额度，并代销一定额度后，皇爷不由沉思起来，旋即微一点头，对这个制度安排颇满意。
用民间的话讲，那便是舍不得孩子套不住狼了。
相对于从商人那里收取一笔数目少得可怜的费用，皇帝陛下更倾向于让商人大量购买海军“采购”回来的货物。
因为，后者能够见到的利润更多。
但魏公公的设计思路却和皇帝相反，他认为特区将来真正的大头利润就是那笔从商人处收取的可怜费用。
但这取决于特区能够做到何种程度。
商行的数目决定特区的繁荣，故而魏公公向皇帝陛下提议，在特区内直接建立大量厂房作坊。这些厂房作坊由提督衙门先期负责修建，铺好下水，修好道路再租借给入住特区的商行直接开设作坊，省却商人的时间和精力。
同时，提督衙门根据商行的要求，在特区内替商行大量招募工人。而商行除了雇佣提督衙门招聘的人手外，也可以从特区外带入人手。这个安排就是确保特区内不会出现“用人荒”。
另外，为了保证特区的经济繁荣，魏公公向皇爷提出了基本酬劳说。
即凡在特区内从事手工业的工人，都能领取一个基本酬劳，这个基本酬劳比之特区外要高百分之三十到五十。
初期，考虑商人入住不会太多，为了提高商人的积极性，提督衙门还将补贴一笔钱供商人发放工人酬劳。
“只要工人酬劳比特区外高，便不虑商会招不到工人。有了大量熟练工人，生产效率就会大幅度提高，做出来的货物多了，贸易规模