在和融入初号机的碇唯达成一致后，程斌就开始在她们母子身上动手脚。
因为要防备无处不在的莉莉丝灵魂碎片察觉到异常，程斌不能简单粗暴地顶替掉这些觉醒的核心部件，他在安顿好这对母子的灵魂后，用念气原样模拟出他们之前的状态。
在这个基础上，程斌遵循着模拟灵魂算法的运作，在合情合理的算法抉择中进行偏向性的选择，一点一点地将模拟出的灵魂化身改造成符合自己需求、可以任意操纵的模样。
反正使徒灵魂和程斌的念气一样都没有完全掌控底层物质，不可能真正穷尽算法所有变化，渚薰记忆里那么多轮回中各种各样的情况都有发生过，程斌动手促成的这些改变，幅度虽然积累起来会令人面目全非，但一点都不显得突兀异常。
如此，程斌轻松套着名为初号机和碇真嗣的壳子上市，顺理成章地参合进了这个世界无限轮回的核心觉醒大戏中。
比起没有丝毫异常反应的使徒灵魂，第三新东京市立第一中学里，那些碇真嗣的同学老师们反倒对他的变化颇有感触。
这个特殊的中学，里面的学生基本都是第三新东京市这座要塞的相关工作人员后代，以及预备的适格者。
碇真嗣由于小时候在亲眼目睹自己母亲被吞噬而被洗过脑，心中有着莫名的阴影残存，而在那之后他的父亲碇源堂又完全专注于的工作，除了提供生活资源外完全无视了他这个儿子的存在。
这种情况下，孤身一人被放养长大的碇真嗣，性格极端内向，在社交中显得软弱而缺乏存在感。
不过这段时间碇真嗣似乎有了一些改变。
话多了一点点，表情丰富了一点点，更多地参与竞技锻炼与集体互动，似乎是因为同学朋友与某些心灵鸡汤文的刺激，开始主动努力改变自己整日自闭的处境。
这些渐进的改变并不是很显眼，大家都很自然地适应了真嗣的变化，顶多只是偶尔回忆起过去时开玩笑道“简直像变了个人一样”。
中学的老师对此乐见其成，还为真嗣的改变提供了不少的帮助。
但一直监控并保护着所有潜在驾驶员的某个机构内部有些杂音，因为人类补完计划心灵觉醒融合的宗教内涵，明显会参与其中的初号机预定驾驶员有明显的心理缺陷对他们而言更符合需求。
不过这种事情毕竟没有确凿的理论依据，且碇真嗣的父亲碇源堂是的总司令也是的得力干将，考虑到他的态度，也不能因为这种不靠谱的事情去随便干涉人家的儿子。
碇真嗣原来那种内向自闭心灵残缺的样子他们乐见其成懒得去改变，但人家因为灌了几口心灵鸡汤积极起来了也没必要为此特意搞事情。
就在这种情况下，自觉生活越来越明亮阳光的碇真嗣，踏出了理所当然但偏离剧本的第一步。
第三新东京市地下的总部，那座建设在空洞底部的巨大金字塔内，总司令独立办公室中。
“谁允许他过来的？”
维持着手肘撑桌双手交握挡住半边脸的姿势，司令桌前的碇源堂看着最新传递来的消息感到有些头疼。
“一个孩子想和自己不顾家的父亲好好交流一下有什么问题吗？听说他是在学校老师的建议与帮助下过来的。”
旁边的冬月笑了笑道：“当初你不是有给他留下一张的出入卡吗？我记得权限还不低，看来这孩子是从杂物堆里翻出来了啊。”
碇源堂沉默了一阵后冷漠地说道：“把他赶回去。”