初，卓闻太祖将至，于是悉烧宫庙官府居家，尽徙洛阳人数百万口于长安，步骑驱蹙，更相蹈藉，饥饿寇掠，积尸盈路。二百里内无复孑遗。及太祖至茅津，卓亦至。太祖隔河悬赏，曰杀卓者，赏千金，封列侯，留全尸者，加赏十文。卓大怒，然终无能为，遂西入关。留吕布、贾诩守桃林塞，张济守蒲津，牛辅、李儒守陕县。太祖自渡河，策反旧部徐荣、张辽等，杀辅、儒。
五月，太祖分娄圭、田丰、韩当等攻蒲津，自引偏师至桃林塞。圭等苦战竟日，赖徐晃偷渡采桑，六日奔袭二百四十里，破三城，克蒲津，斩张济。贾诩闻蒲津战事，诱吕布往救之，自献关于太祖，又谏当以轻兵奔袭邬，先擒董卓。太祖然之，留步卒守关，自率七千骑急进，过长安而不入，五日而至邬，围之。以张辽为别部司马，领骑兵两千，立营五丈原，阻其援。卓部将王方自散关回救，辽夜袭其军，杀方，送其首入邬。
卓既被围，关中人心遂附太祖，旬月之间，竞相来投。诸将亦各破敌来援，成廉魏越等斩卓弟，函其首入邬。凉州马腾、韩遂闻死，递表请降，出质子为义从，太祖纳之。卓观邬外围愈厚，又闻太祖送霸王断刃入邬，则其往昔并州时所赠也，悟终不得免，而太祖欲全其家，乃使貂蝉刺己。太祖入邬，见而奇之，遂纳之，即任夫人也。又以凉康王平与卓孙女白约为婚姻，而传卓首于三辅。
太祖讨卓毕，回军长安，百官道迎，诏觐见汉帝。太祖乃于未央宫前鞭挞天下，数灵帝无道，阉宦祸国，公卿**，世族虚伪，豪强兼并，边将跋扈，众皆愧，无敢抗者。太祖曰：“自今日起，鞭笞天下、抚士安民，我自为之！”。居长安数月，发《求贤令》，拜荀攸为后军师中郎将；收董卓所铸劣钱，改铸新钱；度田查隐，抑制兼并；以工代赈，接济百姓；裁汰冗员，减抑军需。关中气象，为之一新。蔡邕女昭姬，素慕太祖，观新政，曰：“此真英雄也！”乃夜奔自荐，太祖纳之，即蔡夫人也。
正月，朝议改元建安。有故人田楷往长安谒太祖，太祖大喜，加骑都尉，并邀住卫将军府，同榻而眠，见孝庄皇后。楷初小心，渐松，遂阔略无上下礼，与太祖言，至于呼字。庞德为义从长，怒，请杀之，太祖不从，曰：“公直固少年故人也，乡人旧友，同郡为吏，何至于此？”德出，与张既、京泽等言，泽曰：“当示之以威礼。”明日，太祖于明光宫大会三辅诸将、官吏，论及河北战事。楷本无召，既虚言邀入，及入光明宫，见公卿无数，俱肃容列坐，庞德引义从军，京泽引虎贲军，并披挂环列宫内外，而楷之位居于边角。楷遂大惊，乃知太祖宽宏，自后益尊事太祖谨慎。
初，袁绍以讨卓事，自表为车骑将军，立盟于酸枣，多合中原诸侯。绍外宽而内忌，不务西讨而专意兼并。期年之间，死鲍信，迫刘岱，逐孔融，囚张邈、张超，杀桥瑁、臧洪，并吞其土地部属，遂至坐大。于是逐冀州牧韩馥，破渤海太守公孙瓒，收沮授、辛评、辛毗、荀谌、郭图、于禁、张等文武之属，有意于河北。朝廷下诏，斥其为国贼。绍闻诏，曾不稍改，又围审配、关羽于邯郸。太祖怒，遂将军自并州返河北讨之。绍军围邯郸，急切不能下，而羽背城立寨，每出必有斩获，杀伤甚重，绍军士气少沮。绍乃留两万军困邯郸，